Tärkeitä päivityksiä MyHeritagen kromosomiselaimeen, jotta sinun on helpompi tutkia DNA-osumiasi

Olemme iloisia voidessamme ilmoittaa MyHeritagen kromosomiselaimeen tehdyistä tärkeistä päivityksistä. Tämä päivitys parantaa merkittävästi geneettistä sukututkimustamme. Jos olet teettänyt MyHeritage DNA-testin tai ladannut DNA-datasi MyHeritageen, sinusta voi nyt kehittyä geneettinen sukututkija, joka ymmärtää paremmin sitä, kuinka olet sukua DNA-osumillesi.Yhdessä sellaisten sukupuutietojen kanssa kuten jaetut esivanhempien sukunimet ja Smart Matches-osumat, sinun on mahdollista jäljittää yhteisiä esivanhempia, jotka ovat siirtäneet sinulle ja DNA-osumallesi samoja DNA-segmenttejä. Voit rekonstruoida itsesi ja sinua kiinnostavan DNA-osumasi välillä olevan sukulaisuuspolun.

Ellet ole vielä ostanut MyHeritage DNA-testiä Tilaa pakkaus täältä, tai lataa DNA-datasi ilmaiseksi MyHeritageen.

Yleiskatsaus

Kromosomiselain on työkalu, joka näyttää henkilön kromosomit grafiikkana. Pohjimmiltaan sitä käytetään kuvaamaan niiden ihmisten, joilla on yhteistä DNAta, jakamia DNA-segmenttejä. MyHeritage paikantaa sinun ja osumasi välillä olevat yhteiset segmentit silloin kun ne ovat riittävän kokoisia. Nämä yhteiset segmentit ovat todennäköinen osoitus siitä, että sinä ja osumasi olette perineet ne yhdeltä tai useammalta yhteiseltä esivanhemmalta. Tutkimalla jaettuja segmenttejä ja testaamalla lisää sukulaisia on mahdollista määritellä, keneltä ne ovat peräisin ja mikä kahden DNA-testin tehneen välinen sukulaisuussuhde on.

Alkuperäinen versio MyHeritagen kromosomiselaimesta, julkaistiin tammikuussa 2018, oli one-to-one- selain. Se näyttää jakamasi segmentit yhden osumasi kanssa ja se löytyy ”Tarkastele DNA-osumia”-sivun alalaidasta mille tahansa osumallesi. Voit lukea lisää tästä perusversiosta blogistamme.

 

One-to-one kromosomiselain ”Tarkastele DNA-osumia”-sivulla

Tärkeitä asioita kromosomiselaimesta

Ensimmäinen asia, jonka huomaat, on, että kromosomisselaimessa on 22 kromosomia, kun taas ihmisellä on itse asiassa 23 kromosomiparia. Kromosomi, jota ei ole visualisoitu, on viimeinen (23.); sukupuoli-kromosomi ja tarkemmin sanottuna X-kromosomi. X-kromosomi periytyy eri tavoin kuin muut kromosomit ja vaatii sukututkijoiden erityistä huomiota. Tuen lisääminen X-kromosomille MyHeritagen kromosomiselaimeen on suunniteltu tapahtuvaksi myöhemmin tänä vuonna.

On myös huomattava, että MyHeritage-kromosomiselaimessa, monien samanlaisten työkalujen tavoin, on tärkeä yksinkertaistus. Jokainen kromosomipari on esitetty selaimessa yhdellä visuaalisella palkilla, vaikka todellisuudessa jokaisella meillä on kromosomipari, joista yksi on peritty isältämme ja toinen äidiltämme.

Kun kromosomiselain näyttää yhteisen segmentin, se ei kerro, onko se äiti- vai isälinjasi kromosomissa, ei myöskään sitä, onko osumasi saanut sen äitinsä vai isänsä puolelta. Jos segmentti ei ole osumasi kanssa yhteinen (harmaalla), se tarkoittaa sitä, ettei kumpikaan sen segmentin kromosomeista ole yhteinen.

Mutta jos segmentti näkyy jaettuna, joka on kummallakin, et kuitenkaan voi nähdä, onko se isän vai äidin puolelta. Se voi, itse asiassa, olla yhdistelmä kahdesta tai useammasta minisegmentistä, osa äidiltä ja osa isältä. Tällä yksinkertaistamisella on hyvät ja huonot puolensa. Harkitsemme tulevaisuudessa kehittyneemmän ”tupla”-kromosomiselain vaihtoehdon tarjoamista.

Uusi päivitys

Uusi, tänään julkaistu, kromosomiselain on parannettu versio, jossa on enemmän toimintoja. Sinulla on edelleen pääsy yksinkertaiseen one-to-one-kromosomisselaimeen ”Tarkastele DNA-osumia”-sivun alalaidassa, jotta voit tarkastella jokaista DNA-osumaasi erikseen.  Mutta nyt on olemassa uusi One-to-Many-kromosomiselain, jota voit käyttää DNA-navigointivalikosta erillisenä työkaluna.

Uuden One-to-Many-kromosomiselaimen avulla voit verrata itsesi tai minkä tahansa hallitsemasi kitin DNA-segmenttejä aina valitsemaasi seitsemään DNA-osumaan saakka samanaikaisesti. Tämä on tällä hetkellä markkinoiden kattavin kromosomiselain ja MyHeritage tarjoaa sen sinulle ilmaiseksi!

Trianguloidut segmentit

MyHeritage tarjoaa käyttäjilleen ensimmäisenä mahdollisuuden tarkastella trianguloituja segmenttejä ilmaiseksi – segmenttejä, jotka kaikki valitut DNA-osumat jakavat keskenään. Tämä valmius on tärkeä DNA-osumien sukulaisuussuhteiden ymmärtämisen kannalta, sillä trianguloidut segmentit ovat todennäköisesti periytyneet yhteiseltä esivanhemmalta. Jokainen yhteinen segmentti kahden ihmisen välillä on trianguloitu, mutta kolmen tai useamman henkilön jakamat segmentit eivät sitä välttämättä ole. Jos esimerkiksi vertaat itseäsi kahteen henkilöön (A ja B), näet, että kaikki kolme jaatte segmentin samassa genomisessa paikassa, mutta A ja B eivät ole toisilleen osumia tässä segmentissä. Se johtuu siitä, että sinä saatat jakaa segmentin A:n kanssa äidin puolelta ja B:n kanssa isän puolelta. A ja B eivät toisin sanoen ole keskenään sukulaisia. Jos osuma näkyy trianguloituna, tarkoittaa se sitä, että olette osumia toisillenne juuri siinä segmentissä, siksi luultavasti sukua ja olette saaneet sen segmentin yhteiseltä esivanhemmalta. Trianguloinnin vahvistaminen on monimutkaista erityisesti verrattaessa ison ihmisjoukon DNAta toisiinsa ja MyHeritage tekee sen automaattisesti taustalla.

Näin pääset alkuun

Kun haluat päästä erilliseen One-to-Many kromosomiselaimeen, valitse DNA-pudotusvalikosta ”Kromosomiselain”.

One-to-Many kromosomiselain avautuu. Valitse seuraavaksi lähtöhenkilö, jota haluat vertailla hänen DNA-osumiensa kanssa, klikkaamalla kohdan ”Vertaa” vieressä olevaa nuolta. Voit valita itsesi tai kenet tahansa, jonka kiitiä hallinnoit. Jos sinulla on vain yksi kitti, itsestäsi, on tämä kohta valittu ennakkoon puolestasi.

Päähenkilön valinta muihin verrattavaksi

Muodosta seuraavaksi vertailujoukko; ne ovat valitsemasi henkilön DNA-osumia. Valitse vähintään yksi ja enintään 7 osumaa alapuolella olevasta korttimuotoisesta DNA-osumien joukosta. Jokainen valitsemasi osuma siirtyy yläriviin. Valittuasi osuman verrattavaksi, muuttuu hänen alapuolella oleva korttinsa himmennetyksi, mikä auttaa sinua pysymään paremmin perillä siitä, keitä olet jo valinnut.

Verrattavien DNA-osumien valinta

Jos muutat mielesi valinnan jälkeen, liikuta hiirtä ylärivissä olevan kortin yläpuolella ja poista valinta klikkaamalla X.

DNA-osuman poistaminen vertailuryhmästä

Alapuolella olevat DNA-osumat on lajiteltu jaetun DNAn mukaan, tarkoittaen sitä, että läheisimmät sukulaiset ovat ensimmäisinä. Voit käyttää hakutoimintoa, jos etsit jotain tiettyä henkilöä, etkä halua vierittää sivua manuaalisesti alaspäin. Kun olet löytänyt ko. henkilön, klikkaa hänen korttiaan ja lisää hänet vertailuun.

Vinkki: Valitse osumia, joiden arvelet voivan olla sukua toisilleen ja jotka mahdollisesti ovat samasta sukuhaarasta. Jos esimerkiksi tarkastelet DNA-osumaa itsesi ja Matti Meikäläisen välillä ja ”Tarkastele DNA-osumaa”-sivu näyttää, että henkilö nimeltä Tiina Teikäläinen on osumana teille kummallekin, voisi olla hyvä ajatus tutkia sinua, Mattia ja Tiinaa One-to-Many kromosomiselaimessa ja tarkistaa trianguloitujen segmenttien olemassa olo.

Valittuasi kaikki vertailuun haluamasi osumat, klikkaa ”Vertaa” ja pidä hauskaa!

One-to-Many kromosomiselain toiminnassa

Kun aloitat vertailun, pyrähtää kromosomiselain toimintaan. Sivun yläosassa on nyt yksi tai useampi Match Card-kortti, jossa on värillinen palkki yläreunassa edustaen valintaasi. Jokaisella kortilla on DNA-osuman parametrit sinun ja ko. henkilön välillä (jaettu DNA, jaettujen segmenttien lukumäärä ja suurin segmentti).

Alapuolella, kaikissa 22 kromosomissa, on yhteiset DNA-segmentit jokaisen valitun osuman kanssa samalla värillä kuin hänen korttinsa ylälaidassa oleva palkki on. Värikoodi auttaa sinua seuraamaan eri osumia. Harmaat segmentit eivät ole yhteisiä ja harmaalla viivoitettuja segmenttejä ei ole analysoitu niistä puuttuvien DNA-markkereiden (SNPt) vuoksi.

One-to-Many kromosomiselain toiminnassa

Trianguloidut segmentit

Kehystetyt DNA-segmentit ovat trianguloituja segmenttejä – yhteisiä kaikille valtuille DNA-osumille. Nämä segmentit ovat oletettavasti periytyneet jokaiselle yhdeltä tai useammalta yhteiseltä esivanhemmalta. Juuri trianguloidut segmentit ovat niitä, joita toivot löytäväsi, sillä ne viittaavat vahvasti siihen, että kaikilla vertailussa olevilla on yksi tai useampi yhteinen esivanhempi. Saatat jopa tietää, keitä yhteiset esivanhempanne ovat, jos sukupuusi ulottuu tarpeeksi kauas.

Mutta ellet löydä yhteisiä esivanhempia puustasi, sinun täytyisi laajentaa puutasi uusilla sukupolvilla ja tehdä lisää tutkimustyötä nojaten DNA-osumista saamiisi uusiin tietoihin; ehkäpä he ovat tehneet laajempaa sukututkimusta omalla tahollaan. Kromosomiselain auttaa usein ymmärtämään sukulaisuussuhteita ja auttaa pääsemään alkuun tietojen vaihdossa osumien kanssa. Kun esim. kerrot osumallesi, että sinulla saattaa olla aavistus siitä, että olette sukua sen ja sen esivanhemman kautta, joka eli silloin ja silloin jollain tietyllä paikkakunnalla, ja jos nämä tiedot soittavat kelloja osumallesi, olette päässeet hyvään alkuun arvokkaan yhteyden luomisessa.

Toisinaan näet alueen, jossa ovat kaikki osumiesi värit, mutta ei viittausta trianguloituun segmenttiin. Tämä tarkoittaa sitä, että kaikki jaatte DNA-segmentin samassa genomisessa sijainnissa, mutta osumasi eivät jaa tätä segmenttiä keskenään. Kuten kerroin jo aikaisemmin, johtuu tämä siitä, että jokainen kromosomipari esitetään yksinkertaistettuna yhtenä palkkina kromosomiselaimessa; graafisesti ei ole esitetty sitä, onko kromosomi äiti- vai isälinjasta. Jos sinulla ja jollakin DNA-osumallasi on jaettu segmentti äitilinjan kromosomissa ja sinulla on jonkin toisen osuman kanssa jaettu segmentti täsmälleen samassa genomisessa sijainnissa, mutta isälinjan kromosomissa, on todennäköistä, että nämä kaksi DNA-osumaasi eivät jaa keskenään samaa segmenttiä siinä sijainnissa ja voi olla, että he eivät ole ollenkaan sukua toisilleen. Näissä tapauksissa segmentti ei ole trianguloitu eikä siinä ole kehystä.

Alla oleva esimerkki näyttää kromosomivertailun henkilön, hänen äitinsä ja hänen isänsä välillä. Kuten odotettua tämä henkilö jakaa koko kromosominsa jokaisessa kromosomiparissa äitinsä kanssa ja samoin isänsä kanssa, minkä vuoksi jokainen kromosomi viittaa osuman kumpaankin vanhempaan. Tässä tapauksessa eivät vanhemmat ole kuitenkaan verisukulaisia eivätkä jaa yhtään DNAta keskenään. Sen vuoksi tässä ei myöskään ole yhtään trianguloitua (kehystettyä) segmenttiä. Tottumaton käyttäjä voisi olettaa, että isä ja äiti ovat sukua toisilleen, niin ei kuitenkaan ole. Tästä syystä on tärkeää ymmärtää ja käyttää trianguloituja segmenttejä.

Kun liikutat hiirtä minkä tahansa (trianguloitu tai ei) jaetun segmentin päällä, voit tarkastella segmentin genomista sijaintia, sen kokoa ja siinä olevien snippien määrää.

Trianguloidun segmentin tietojen näyttäminen

Lisävalinnat

Oletuksena vähintään 2 cM:n kokoiset trianguloidut segmentit on kehystetty. Voit nostaa minimikynnystä 4, 6 tai 8 cM:iin valitsemalla sivun ylälaidassa olevaa pudotusvalikkoa. Minimikoon nostaminen antaa harvempia trianguloituja DNA-segmenttejä, jotka ovat kuitenkin luotettavampia sen suhteen, että ne ovat yhteiseltä esivanhemmalta eivätkä äärettömän kaukaisten esivanhempien aiheuttamaa ”taustakohinaa”.

Minimikoon valinta trianguloiduille segmenteille

Segmenttitietojen vienti

Olemassa on DNA-segmenttien visualisointiin aivan loistavia kolmansien osapuolten työkaluja, esim. DNA Painter, joita saatat haluta käyttää. Saatat myös haluta tarkastella osumiasi manuaalisesti tai offline. Näihin tarkoituksiin tarjoamme mahdollisuuden ladata segmenttitietoja.

One-to-Many kromosomiselaimen alaosassa, kromosomien visuaalisen esityksen alapuolella, on taulukko yksityiskohtaisine tietoineen kunkin vertailussa olleen DNA-osuman DNA-segmenteistä ja kaikkien yhteisistä trianguloiduista segmenteistä. Voit kopioida tiedot leikepöydälle tai klikata ”Lisävalinnat”, jolloin pääset lataamaan kaikki taulukon tiedot.

Jaettujen DNA-segmenttien tiedot ja vientivaihtoehdot

Huomaa, että vaikka emme koskaan salli toisen käyttäjän ladata tietojasi, niin jos hänellä on jaettuja segmenttejä kanssasi, joiden tietoja (sijainti ja koko) hän pääsee tarkastelemaan omassa DNAssaan, voi hän päätellä sinun DNAsi genotyypin siinä tietyssä segmentissä. Käyttäjät voivat halutessaan estää muita, jotka jakavat saman segmentin, tarkastelemasta jaetun segmentin tietoja käyttämällä uusia yksityisyysasetuksia, jotka olemme lisänneet sitä varten.

Muiden sukulaisten testaaminen

Kromosomiselain valaisee hyvin muiden sukulaisten testaamisen hyödyllisyyttä. Voit tehdä erittäin arvokkaita löytöjä trianguloimalla tunnettuja DNA-testin tehneitä sukulaisia kummastakin sukulinjastasi aikaisemmin tuntemattomien sukulaistesi kanssa.

Testaaminen on parasta aloittaa isovanhemmistasi ja vanhemmistasi, jotka ovat vielä elossa. Miksi tämä on niin tärkeää? Suoriin esivanhempiisi liittyvät osumat ovat myös sukua sinulle, mutta esivanhemmillasi on enemmän sukusi alkuperäistä DNAta kuin sinulla, joten sinulla on paremmat mahdollisuudet löytää sukulaisia testaamalla vanhempia ja isovanhempia kuin luottamalla omiin osumiisi. Parhaana käytäntönä suosittelemme aina sukusi vanhempien testaamista, niin kauan kuin vielä voit.

Testaamalla enemmän sukulaisia, sinun on myös helpompi hyödyntää omia osumiasi ja ymmärtää niiden sukulaisuussuhdepolku itseesi. Jos isovanhempasi eivät ole enää elossa, voit pyytää heidän sisaruksiaan tai serkkujaan tekemään testin. Vanhempiesi lisäksi on hyödyllistä myös testata heidän ensimmäisiä ja toisia serkkuja.

Oletetaan esimerkiksi, että sinulla on sukupuussasi sinua erityisesti kiinnostava, haluat saada siitä lisää tietoa ja löytää enemmän sukulaisia. Oletetaan myös, että äidilläsi on vielä elossa oleva toinen serkku tuosta haarasta, ja hän suostuu tekemään DNA-testin, jonka olet ostanut hänelle. Oletetaan, että DNA-tulokset vahvistavat, että tämä on todellakin äitisi toinen serkku eikä niin sanotusti ole yllätys. Nyt sinulla on erinomainen vauhdittaja tutkimuksellesi. Voit tarkastella osumaasi äitisi toiseen serkkuun ja tutkia yhteisiä osumianne. Voit tutkia niitä One-to-Many kromosomisselaimessa ja etsiä trianguloituja segmenttejä. Kun löydät osuman, joka trianguloi sinun ja äitisi toisen serkun kanssa, olet löytänyt sukulaisen, joka polveutuu iso-iso-isovanhemmistasi, jotka ovat sinun ja äitisi toisen serkun yhteiset esivanhemmat.

Tai voihan olla, että yhteinen esivanhempi on vielä kauempana; iso-iso-isovanhempiesi esi-isä. Mutta nyt, kun sinulla on mahdollisesti tuhansia DNA-osumia MyHeritagessa, olet keskittynyt niihin suvun haaroihin, jotka kiinnostavat sinua eniten. Voit ottaa heihin yhteyttä, saada tietoosi sen, mitä he tietävät suvustaan ja ehkä yhdistää osan heidän sukupuustaan omaasi. Testauttamalla lisää suvun jäseniä, hankkimalla vähän kokemusta, sitkeydellä ja käyttämällä MyHeritagen tarjoamia geneettisiä työkaluja, joita parannamme jatkuvasti sekä MyHeritagen laajan, päivittäin tuhansilla kasvavan, DNA-tietokannan avulla voit tehdä hämmästyttäviä löytöjä.

Uutta: DNA-osumalistauksen lataaminen

Hyödynnämme tätä blogikirjoitusta ilmoittaaksemme toisen uuden ominaisuuden julkistamisesta, mikä ei liity kromosomiselaimeen. Käyttäjäyhteisömme on pyytänyt tätä ja me olemme kuunnelleet. Käyttäjämme halusivat mahdollisuuden ladata koko DNA-osumalistaus kätevästi, ja olemme iloisia voidessamme tarjota sen. Osumalistauksen lataaminen on hyödyllistä, jos haluat tarkastella sitä manuaalisesti, esimerkiksi laskentataulukossa tai siirtää sen käsiteltäväksi muilla työkaluilla. Tämä ominaisuus on nyt saatavilla. DNA-osumasivulla on ”Lisävalinnat” -valikko. Siellä voit ladata koko DNA-osumalistauksesi. Voit myös ladata kaikkien jaettujen DNA-segmenttien tiedot kaikista DNA-osumista kerralla tästä valikosta. Kummankin vaihtoehdon valinta kestää useita minuutteja, joten saat sähköpostiisi viestin sekä pyydetyt tiedot sen liitteenä olevassa tiedostossa.

Vientivaihtoehdot DNA-osumat sivun valikossa

Yhteenveto

Uusi One-to-Many kromosomiselain, joka tukee viitausta triangoloituihin segmentteihin, on jännittävä lisä MyHeritagen kasvavaan, geneettisen sukututkimuksen työkaluarsenaaliin. Nyt saat enemmän hyötyä ja järkeä DNA-osumiisi. Mikä parasta, tämä loistava työkalu on täysin ilmainen.

Uutta on myös mahdollisuus ladata DNA-osumalistaus ja muutama muu siirtomahdollisuus.

Toivomme, että pidät näistä ominaisuuksista ja käytät niitä uusien löytöjen tekemiseen.

Autamme mielellämme käyttäjäyhteisöämme murtamaan esteiden muureja, jäljittämään perintöään ja ymmärtämään sitä, kuinka he ovat sukua DNA-osumien avulla löytyneille suvun jäsenille.

Pysy kuulolla: Työskentelemme tällä hetkellä uusien ja hienojen, lähitulevaisuudessa julkistettavien sukututkimustyökalujen parissa.

Jätä kommentti

Sähköposti pidetään yksityisenä eikä tule näkyviin

  • A. Peltoniemi


    maaliskuu 28, 2018

    Thank’s a lot!

    I’m waiting just results from my mother and grand ant – be sure, I’m going to end 🙂

  • Tom-Enssi Mattsén


    maaliskuu 28, 2018

    Mistä osoitteesta pääsen aloittamaan selvityksen sukulaissuhteista ja tarviseeko minun siirtää DNA-tiedostoni jonnekin, jotta voin aloittaa jollakin nimetyllä ohjelmalla tutkimaan muiden ihmisten DNA.yhtäläisyyksiä? Asian esittely on hyvä, mutta yksinkertainen ohjeistus siitä, että mistä pitää aloittaa ja millä ohjelmalla ja mistä sen saa?

    • annikka


      toukokuu 3, 2018

      Hei, löydät työkalut DNA-osumien tutkimiseen DNA-välilehdeltä kohdasta DNA-osumat. Voit valita siellä vertailuun yhden osuman kerrallaan tai jos käytät kromosomiselainta, niin voit verrata seitsemää tulosta kerrallaan. Et tarvitse erillistä ohjelmaa. Täältä löytyy apua aloittamiseen.
      https://blog.myheritage.fi/2017/08/esittelyssa-dna-match-review-sivu/