Esittelyssä automaattinen DNA-osumien ryhmittely

Kommentit

Meistä on jännittävää saada esitellä Autoklusterit – uusi geneettisen sukututkimuksen työkalu, joka ryhmittelee yhteisistä esivanhemmista todennäköisesti polveutuvat DNA-osumat mukaansatempaavina visuaalisina kaavioina. Tämä helppokäyttöinen työkalu tekee mahdolliseksi DNA-osumien tehokkaamman tutkimisen ryhmissä lukuisten yksilöiden sijaan ja tarjoaa oivalluksia sukupuusi eri haaroista.

Viime vuosina ovat miljoonat ihmiset tehneet DNA-testin saadakseen lisää tietoa sukunsa historiasta ja löytääkseen uusia sukulaisia. Vaikka DNA-testaus antaa vastauksia, sisältävät tyypilliset DNA-osumat vain arvion sukulaisuussuhteesta; esim. 3. serkku, ilman viittausta tarkkaan sukulaisuuspolkuun. Joissakin tapauksissa MyHeritage pystyy hyödyntämään historiallisia tietoja ja sukupuita ja ehdottamaan tarkkaa polkua (lue Theory of Relativity-ominaisuudesta, jonka julkaisimme tällä viikolla), mutta se ei aina ole mahdollista. Siksi uusi Autoklusteri-työkalu on kätevä!

Autoklusteri järjestää MyHeritage DNA-osumasi todennäköisesti samoista esivanhemmista polveutuvien jaettujen osumien ryhmiin. Ryhmittämällä yhteen DNA-osumat, jotka todennäköisesti kuuluvat samaan haaraan ja joilla on yhteinen esivanhempi, Autoklusteri voi auttaa valaisemaan sinua ja osumiasi yhdistäviä sukulaisuussuhdepolkuja. Tutkimalla sukupuiden ryhmiteltyjä osumia voi käyttäjä koota kokonaisen haaran. Ryhmät ovat mukavuussyistä värikoodattuja ja ne esitetään tehokkaina visuaalisina kaavioina kuin myös listamuodossa.

Uusi työkalu on kehitetty yhteistyössä GeneticAffairs.comin Evert-Jan Blomin kanssa. Se perustuu hänen luomaansa teknologiaan ja MyHeritage-tiimi on jatkanut sen kehitystyötä. Kehitystyömme sisältää endogaamisten populaatioiden – kansoja kuten Ashkenasi-juutalaiset, jotka elivät eristyneissä yhteisöissä ja jotka suosivat sisäryhmäavioliittoja – paremman ryhmittelyn ja automaattisen valintakynnyksen optimaaliseen ryhmittelyyn, jotta käyttäjien ei tarvitse tehdä kokeiluja parametreillä.

Me, MyHeritagessa, olemme innostuneita siitä, että olemme ensimmäinen DNA-palvelu, joka tarjoaa käyttäjilleen automaattisen ryhmittelyn.

Lisää tietoja Autoklusterikaavioista

Kukin ryhmässä oleva värillinen solu edustaa kahden DNA-osumasi välistä risteystä. Se tarkoittaa sitä, että kumpikin mätsää toisensa kanssa (sen lisäksi, että kumpikin on osumana sinulle). Nämä solut on ryhmitelty yhteen sekä fyysisesti että väreittäin. Tavoitteena on luoda tehokas visuaalinen kaavio jaettujen osumiesi ryhmistä.

Jokainen väri edustaa yhden jaetun osuman ryhmää. Ryhmän jäsenet ovat osumina sinulle ja useimmille tai kaikille muille ryhmän jäsenille. Jokainen yksilö ryhmässä on todennäköisesti samasta sukulinjasta, vaikka myöhäisin yhteinen esivanhempi ryhmän jäsenten välillä sekä sinun ja ryhmän jäsenten välillä saattaa vaihdella. Ryhmien sukupolvitaso voi myös vaihdella; joku voi olla isälinjasi isoäidin haarasta ja joku toinen isälinjasi iso-isoisän haarasta.

Saatat nähdä joitakin harmaita soluja, jotka eivät kuulu mihinkään värikoodattuun ryhmään. Joskus ne voivat viitata jaettuun osumaan, jossa toinen kahdesta serkusta on liian läheistä sukua sinulle kuuluakseen ainoastaan yhteen ryhmään. Joukko vierekkäisiä harmaita soluja voi olla viite siitä, että kaksi ryhmää ovat sukua toisilleen.

Alla kuva, jossa kaikki ryhmät näytetään listamuodossa.

Voit jokaisen ryhmän listalla tarkastella kätevästi DNA-osumiesi sukupuita tai siirtyä DNA-osumaasi yhteydenottoa varten. Olemme suunnitelleet lisäävämme seuraavaan versioon sellaiset esivanhempien sukunimet ja paikat, jotka ovat yleisimpiä ryhmän sisällä. Niistä voi saada lisävihjeitä ryhmän yhteisten esivanhempien etsintään.

Voit tutkia kiinnostavia ryhmiä tutustumalla sen jäsenten sukupuihin ja yrittämällä tunnistaa ryhmän. Voit löytää joitakin omia esivanhempiasi, joista et ole tiennyt.

Autoklusterin käyttäminen

Aloita Autoklusterin käyttäminen klikkaamalla uutta ”DNA-työkalut”-kohtaa DNA-välilehden pudotusvalikossa.

Uusi DNA-työkalut sivu on paikka, jonne keräämme kaikki pitkälle kehitetyt työkalut kuten kromosomiselaimen ja uuden Autoklusteri-työkalun. Se löytyy myös DNA-tulossivulla etnisyysarvio- ja DNA-osumat välilehtien vierestä uutena välilehtenä nimellä ”Työkalut”. Klikkaa työkalut-sivulla DNA-osumien ryhmittelykortin alapuolella olevaa ”Tutki”-painiketta.

Siirryt DNA-osumien ryhmittelysivulle. Klikkaa ”Luo” tehdäksesi ryhmittelyn. Jos hallinnoit useamman henkilön pakkausta, valitse ensin pakkaus, jolle haluat luoda ryhmittelyn.

Kysynnästä riippuen ryhmittelyn luominen saattaa kestää muutamista minuuteista useisiin tunteihin.

Kun ryhmittely on valmis katsottavaksi, saat sähköpostiviestin, jonka liitteenä on zip-tiedosto sisältäen ryhmittelyt. Tämä on ensimmäisen vaiheen toteutus. Suunnittelemme ryhmittelyiden upottamista MyHeritage käyttäjäliittymään ja integroivamme ne tiukemmin osumiisi.

Zip-tiedostossa, jonka saat sähköpostin liitteenä on 3 osaa: HTML-tiedosto on visuaalinen kaavio ryhmittelyanalyysistä, CSV-tiedosto, joka sisältää taulukkoversion analyysistä ja ReadMe.pdf-tiedosto, jossa on hyödyllistä tietoa automaattisesta ryhmittelystä ja kuvaus automaattisesti ryhmittelyyn valituista parametreistä.

Optimaalista käyttöä varten tallenna zip-tiedosto kovalevyllesi, pura tiedostot ja avaa ne.

Huomaathan, että tällä hetkellä voit, jokaista hallinnoimaasi DNA-pakkausta kohtaan luoda ainoastaan yhden Autoklusterianalyysin päivässä. Se on varotoimi ylikuormittumisen varalle.

Autoklusteri-analyysin asetukset

Automaattisen ryhmittelyn luomista varten analysoimme korkealaatuisimmat osumasi ja jaamme ne värikoodattuihin ryhmiin. Valitsemme automaattisesti optimaalisimmat kynnysparametrit (kuten: yhteisen DNAn minimi ja maksimi cM sekä jaetun DNAn minimi yhteisille osumille) jotta voimme tuottaa parhaat ryhmät tietylle DNA-pakkauksellesi.

Kerromme sinulle valitsemistamme parametreistä listaamalle ne HTML- ja ReadMe.pdf-tiedostoissa.

Hinta

Automaattinen ryhmittely on premium-ominaisuus, johon tarvitaan MyHeritage-sivustosopimus (Premium, PremiumPlus tai Complete). Käyttäjät, jotka lataavat DNA-raakadatansa MyHeritageen toisesta palvelusta eivätkä halua ostaa sivustosopimusta voivat maksaa 35€:n kertamaksun per DNA-pakkaus ja vapauttaa kaikki MyHeritagen tarjoamat pitkälle kehitetyt DNA-ominaisuudet ml. Autoklusterin. Lue lisää sopimuksista täältä.

DNA-osumien ryhmittely toimii parhaiten, jos testaat lisää perheenjäseniä. Jos testaat esim. vanhempiesi serkun, niin hänen ilmestymisensä ryhmään viittaa kaikkien muidenkin ryhmässä olevien DNA-osumiesi olevan samasta sukuhaarasta. Jos perheessäsi on henkilöitä (erityisesti vanhimpia), jotka eivät vielä ole tehneet MyHeritage DNA-testiä, niin nyt on hyvä mahdollisuus laajentaa uusien löytöjen mahdollisuutta. Tilaa lisää DNA-pakkauksia jo tänään

Yhteenveto

Uusi Autoklusteri-työkalu hyödyntää huipputeknologiaa tehdäkseen DNA-mätsäyksestä hyödyllisemmän. Se auttaa tutkimaan DNA-osumiasi tehokkaammin ryhminä yksilöiden sijaan ja päättelemään yhteiset esivanhemmat osumiesi kanssa. Ryhmittely perustuu puhtaasti DNA-tuloksiin ilman sukupuiden tai historiallisten tietojen mukana oloa ja se täydentää eilen julkaisemaamme Theory of Family Relativity™-ominaisuutta.

Geneettinen sukututkimus on jännittävä ala, joka kehittyy jatkuvasti uusien ja innovatiivisten teknologioiden avulla. Olemme ylpeitä voidessamme olla tämän vallankumouksen etulinjassa!

 

Jätä kommentti

Sähköposti pidetään yksityisenä eikä tule näkyviin